Eleverna är misstänkta för hot, misshandel och utpressning mot andra elever på Duvenholmsskolan i Katrineholm.
Barn och utbildningsnämnden har stängt av eleverna, enligt skollagen, där det sägs att elever ska garanteras trygghet under studierna.
– Vi har nolltolerans mot sådant här och har nu markerat genom den här åtgärden, säger nämndens socialdemokratiska ordförande Anneli Hedberg.
De båda eleverna är också föremål för polisutredning med anledning av misstankarna.